タンパク質変性剤尿素

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al.： Nucleic Acids Res.,17 ： 2223, 1989 ／ 22 ： 576, 1994 ／ Yoshizawa, S.et al.： Biochemistry, 36 ： 4761, 1997）．例えばGCGAAAGCT の配列のDNA断片は，そのTm値が80 ℃以上であり，7 M 尿素共存下でもTm値は57 ℃である．したがって通常の変性ゲル電気泳動では，このDNA断片はコンパクトなミニヘアピン構造が変性されず，1～2塩基分だけ早い位置に泳動されてしまう．またG とC のみからなる10塩基ぐらいの二本鎖DNA断片の中には，7 M 尿素共存下の電気泳動で完全に変性されないものもあり，二本鎖DNA由来のバンドが認められることもある．今回の実験で示したように，尿素やホルムアミドなどの変性剤は，DNAの高次構造をTm値で10 ～ 20 ℃ほど不安定化させるだけで，完璧にDNAの構造を変性させるわけではない．したがって効果的な変性ゲル電気泳動を行うためには泳動中の温度コントロールが重要である．しかし注意深く泳動を観察すると，おかしな移動度を示す核酸断片が意外に多いことに気付かれるだろう．それらの配列のなかにはまだ知られていない新しい核酸の構造が潜んでいるかもしれない．

研究者らが尿素やβ-メルカプトエタノールなどの変性剤を添加すると、タンパク質は変性した。これらの薬剤が除去された場合、タンパク質はその本来の立体配座に戻り、100％の効率でその機能を果たすこ … 核酸などの生体分子の高次構造を不安定化させる化学物質は，カオトロピック薬剤（chaotropic agent またはchaotrope）とよばれる．カオトロピック薬剤により二本鎖DNAの熱安定性が減少することは，1962年にHamaguchi とGeiduschek により報告された（Hamaguchi, K. & Geiduschek, E. P.： J. 保湿効果が高いとされている尿素だが、一方で刺激性があるという問題点もある。

al.： Nucleic AcidsRes., 20 ： 3891, 1992）．ホルムアミドもローディング溶液に用いられるが，脱イオン化操作が必要であり，またホルミアミドの劣化により沈殿物が生じたりするので，われわれの研究室では通常，尿素溶液を用いている．クリックして拡大本実験では，0.2 μM の二本鎖DNA（98塩基）を3 M 尿素，7 M 尿素，もしくは20 ％ホルムアミドを含む1× TBE溶液に溶かし，20 ℃から80 ℃まで温度を変化させて260 nm の吸光度を測定した．DNAを含まないそれぞれの水溶液で吸光度を補正し，得られたシグモイド曲線を一次微分してT m 値を算出した（その結果，変性剤非共存下では， 98塩基の二本鎖DNAの1× TBE溶液中でのTm値は67 ℃，3 M 尿素共存下ではTm ＝ 5 6 . タンパク質を十分に変性させるには、一般に6 mのグアニジン塩酸または8 mの尿素が必要です。精製グレードの高い化合物を使用する必要があります。

いつもお世話になります。タンパク質リフォールディングについて教えて頂きたい事があって質問させていただきました。現在大腸菌を用いてタンパクを発現させ、さらに分子ふるいにて目的タンパク（90kDa）を精製しています。このサンプルまた、尿素にはタンパク質変性作用がある。尿素分子がタンパク質分子の水素結合の間に割り込んでその構造を破壊し、溶かしてしまう。その結果、皮膚の角質を除去する働きがあるとされている。浸透圧と刺激性について. Chem.Soc., 84 ： 1329, 1962）．この論文ではカオトロピック薬剤としてヨウ化物イオンや過塩素酸イオンなどのアニオンが用いられているが，これらの物質は疎水性化合物の溶解度を上げる塩溶効果（salting-in effect）や水溶液中の水分子の集合体の構造を壊す性質をもっている．尿素やホルムアミドもその特質を有しているので，カオトロピック薬剤に分類することができる．尿素（NH2-CO-NH2）やホルムアミド（NH2-CHO）はどちらも分子内にアミノ基とカルボニル基を有し，すべての原子が同一平面上に位置する（DNAの二本鎖構造は，親水性の置換基や原子（リン酸基，糖部分の環内酸素原子・水酸基，塩基部分の窒素原子・イミノ基・ケト基）が水溶液中の水分子や金属イオンと溶媒和している．そして上下に隣接する塩基同士は，互いのπ電子による疎水性の相互作用（スタッキング： stacking）により，また相補鎖間での塩基対は水素結合により安定化されている．しかし水分子が塩基対内の水素結合に割り込むことがあり，DNAの二本鎖構造は部分的に開いたり閉じたりしている（ブリージング： breathing）と考えられている．このDNAの水溶液に尿素やホルムアミドなどの変性剤を加えると，DNAに溶媒和した水分子の集合体の構造を壊し，ブリージングに乗じて変性剤がスタッキングした塩基の間に入り込んだり，あるいは塩基対間の水素結合中に割り込んだりして，二本鎖構造を不安定化させると考えられている（変性剤を加えた核酸の水溶液をさらに加熱（70 ～90 ℃）することにより，長鎖の二本鎖DNAや複雑な高次構造によって安定化されたDNAやRNAも効果的に変性させることができる．それでは，尿素やホルムアミドはどのくらいの濃度でDNAの二本鎖構造を不安定化させるのだろうか．そこで98塩基の二本鎖DNAを用いて，尿素（3 M， 7 M）あるいはホルアミド（20 ％）共存下での二本鎖DNAの熱安定性を調べることにした．二本鎖DNAは塩基間でスタッキング相互作用が形成されるとUV 吸光度（260 nm）が小さくなる（淡色効果，ハイポクロミシティー：hypochromicity）．逆に二本鎖DNAを変性するとスタッキング相互作用が弱くなるのでUV 吸光度が増す（濃色効果，ハイパークロミシティー： hyper -chromicity）．この性質を利用して，二本鎖DNAの水溶液のUV 吸光度の温度依存性を調べることにより，種々の環境下での二本鎖DNAの熱安定性を調べることができる．ここで得られるUV 吸光度の変化は，温度に依存してシグモイド曲線となる．その曲線の変極点をTm値（融解温度： melting temperature）とよび，特定の条件下における固有のDNA高次構造の熱安定性の指標となっている．今回はそれぞれの変性剤共存下における二本鎖DNAのTm値を測定することにより，変性剤の効果を調べた．クリックして拡大核酸試料を変性アクリルアミドゲルで電気泳動する際には，その核酸の水溶液に変性剤を加えて，DNAやRNAの高次構造をあらかじめ変性させておく．われわれの研究室では，核酸断片の溶液に等容量の10 M尿素溶液を加え，これを加熱した後に7 M 尿素―ポリアクリルアミドゲルにロードする方法（10 M 尿素溶液は，30 g の尿素と泳動用の色素（キシレンシアノールやブロモフェノールブルー）各50 mgを1 × TBEに溶かして全量を50 mL にメスアップし，この溶液をフィルター（ミリポア社，マイレクスHA33）に通した後，1 mL ずつエッペンドルフチューブに分注して冷凍庫で保管する．使用する前に析出した尿素を溶かすために加熱するが，加熱をくり返すと尿素が一部分解するので，頻繁に使用する場合は使う量に応じて室温下で保存したほうがよい．DNA溶液に等容量の10 M 尿素溶液を加え，よく攪拌した後，75 ～ 90 ℃で1～3分間加熱し，この溶液を冷却せずにそのままゲルにロードする．変性ゲル電気泳動の場合，泳動中はゲルの温度を45 ～ 50 ℃に保つ．高温下で泳動することにより変性効果を高められるが，通常の軟質ガラスのゲル板では70 ℃ぐらいになるとガラス板にひびが入るので注意する必要がある．パイレックス製のガラス板を用いると70 ℃の高温でも耐えられる．非常に安定な高次構造を形成する核酸断片（後述）を変性させるには， 70 ℃の高温下での泳動が効果的である（Hirao, I. et.

界面活性剤は脂肪族や芳香族からなる非極性部分（テール）と極性部分（ヘッド）の両方を有する両親媒性の分子です（図1）。界面活性剤はヘッドグループの性質によってイオン性（有する電荷によって陽イオン性または陰イオン性がある）、非イオン性（電荷をもたない）、または両イオン性（正負両方の電荷をもつが分子全体の電荷はゼロ）に大きく分類されます。各界面活性剤の性質は、そのヘッドグループとテールグループの特性（親水疎水性のバランス, 鎖長, かさの高さ）によって決まります。界面 …

1950年代ごろ、Anfinsenらは、できあがった酵素（例えば、Ribonuclease A）に尿素（タンパク質変性剤として使用）を加えて酵素活性を失わせたあとに、尿素を透析で除去すると、元と同じ活性が回復することを見出しました。一般的なタンパク質の変性剤である尿素の場合, 尿素を加えると親水性分子, 疎水性分子の双方とも溶けやすくなることが知られている. 核酸の変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動では，変性剤として尿素やホルムアミドを一般的に用いる．核酸の高次構造にこれらの変性剤はどのように働くのだろうか？今回はその原理を考察し，二本鎖DNAの構造が尿素やホルムアミドの共存下でどの程度不安定になるかを実際に調べた．クリックして拡大核酸などの生体分子の高次構造を不安定化させる化学物質は，カオトロピック薬剤（chaotropic agent またはchaotrope）とよばれる．カオトロピック薬剤により二本鎖DNAの熱安定性が減少することは，1962年にHamaguchi とGeiduschek により報告された（Hamaguchi, K. & Geiduschek, E. P.： J.

5 ℃， 7 M 尿素共存下ではTm ＝ 45.6 ℃， 20 ％ホルムアミド共存下ではTm ＝53.5 ℃となった．したがって， 7 M 尿素の添加は，DNAの高次構造の安定性を20 ℃ほど不安定化させ，また20 ％ホルムアミドは3 M 尿素の添加と同程度の効果を示すことがわかった．20 ％ホルムアミドは約5M溶液に相当するので，等モル数で比べるとホルムアミドよりも尿素のほうが変性剤としての効果が高いようだ． 7 M 尿素の存在下では50 ℃以上で98塩基のDNAが完全に変性されている．ここで重要なことは，たとえ7 M 尿素共存下でも35 ℃以下では98塩基の二本鎖DNAはほとんど変性していないということである．つまり7 M 尿素の変性ゲル電気泳動を効果的に行うためには，泳動中のゲルの温度をTm値以上にする必要がある．さらに注意点として，DNAの配列によっては異常に安定な構造を形成するものがあり， 45 ～ 50 ℃での変性ゲル電気泳動でもその高次構造が変性されず，その断片の移動度が早くなったり，遅くなったりすることがある．われわれは以前に， G C G A A A G C ，CCGAAAGG，GCGNAGC（N ＝ A, G, C あるいはT）などの短い配列が両端の2つのG ― C塩基対とその内側のG ― A塩基対により異常に安定なヘアピン構造（ミニヘアピンと名付けられている）を形成することを見つけている（Hirao, I. et. 変性剤尿素やグアニジン塩酸はタンパク質の構造安定性を低下させる作用をもつため、その溶液中でタンパク質は変性する。このようにタンパク質を変性させる作用をもつ物質は変性剤と呼ばれる。しかも高濃度 (8m) まで溶解するために、たいていのタンパク質を変性させることができる。かつて尿素が変性剤として使われていたこともあったが、尿素水溶液はシアン酸を生じてタンパク質を化学修飾する可能性があるため好ましくない。 Chem.Soc., 84 ： 1329, 1962）．この論文ではカオトロピック薬剤としてヨウ化物イオンや過塩素酸イオンなどのアニオンが用いられているが，これらの物質は疎水性化合物の溶解度を上げる塩溶効果… Copyright © 2005-

タンパク質変性剤尿素 2020